La docencia de tercer ciclo impartida desde el Instituto Universitario de Urbanística se ha vehiculado a través de diversos programas de doctorado organizados conjuntamente con otros departamentos de la Universidad de Valladolid o con otras universidades como la Iberoamericana de Puebla.

A partir de la reordenación de las enseñanzas oficiales de doctorado derivada del Real Decreto 99/2011, la docencia de tercer ciclo se ha centralizado en la Escuela de Doctorado de la Universidad de Valladolid, en la que los miembros del IUU están integrados en diversos programas de doctorado.